Si, es posible configurar el nivel y la clave de cifrado independientemente para cada tarea de backup.
Los archivos se cifran en el origen, lo que quiere decir que llegan a la nube ya cifrados. Hay que tener en cuenta que la clave de cifrado establecida al momento de crear la tarea de copia es la única que puede recuperar los archivos, si esta se pierde, no hay forma de recuperarlos.